「ただの人間には興味ありません。
この中に宇宙人、未来人、超能力者がいたら、わたしのところに来なさい。以上。」
高校入学早々、ぶっ飛んだ挨拶をかました美少女…にして校内一の変人、涼宮八ルヒ。
普通でいたい現実主義者のキョン（主人公？）だったけど、ちょっとした好奇心が仇になり、ハルヒに巻き込まれてしまった。 ハルヒが結成したSOS団(世界を大いに盛り上げるための涼宮ハルヒの団)。キョンをはじめ、ただ者でない団員たちを従えた彼女には、本人も知らない重大な秘密があった！？