サクヤとノルブの力を借りて、エウレカとレントンはグレートウォール突破を決行する。二人を守ろうとする仲間たちだったが、軍のオレンジによる攻撃でヴォダラ宮にも抗体コーラリアンが発生していた。

　ついにレントンとエウレカがグレートウォールの突破を試みる。それを阻止しようと攻撃をしかけてくるデューイ。オレンジが撃ちこまれ、抗体コーラリアンも出現。月光号は絶体絶命の危機に陥る。三つ巴の壮絶な空中戦が見所だが、ここでホランドの乗る909がジ・エンドとの戦闘で墜落する。グレートウォールを越えようとするレントンが、これまで関わった人々を思い出すシーンは、ラストが間近であることを思わせて感慨深い。ゾーンの中、レントンとエウレカはノルブとサクヤの姿を見る。レントンたちのために、ポロロッカという現象を起こしたサクヤとノルブ。二人はゾーンへの道を作り、その中に消失したのだろうか。一方、レントンを追うアネモネがゾーンに見た幻影は何だったのだろう。
　「アネモネは幼い頃の記憶を持っていません。なので、記憶の断片を見て、ショックを受けたんです」と監督。アネモネが見たのは、幼い頃の家族の記憶だったのだ。監督はこうも語る。「これは、彼女が変化していく兆しになります。失くしたと思っていた記憶を見ることで、彼女の崩壊が始まります」。ラストに向けて、アネモネの変化にも要注目だ。

　レントンとエウレカ、そして子どもたちを乗せて、ニルヴァーシュはゾーンを越える。その先にあったのは、なんと日本列島だった！　新天地に赴き、レントンたちの試練も続く。