アネモネの代わりを探すため、ワルサワの施設へ向かうドミニク。彼はそこでアネモネの過去を知り、自らの行動に疑問を感じはじめる。一方、地下をさまようレントンたちは、エウレカの身体に起きた異変を目にする。

　自分の身に起きた異変に塞ぎこんだエウレカは、レントンや子どもたちを避けるようになる。二人のすれ違いはこれまでにもあったことだが、今度はいつも通りにはいかないようだ。何とかなるというレントンの楽観的な言葉に、モーリスは鬱憤をぶつける。
　一方、地上ではドミニクがアネモネのために奔走していた。ノヴァク財団の研究施設があるワルサワで、次期theENDライダーを選出しようとしていたのだ。だが、その研究内容にドミニクは愕然とする。人型コーラリアンであるエウレカそっくりに改造された少女たちが、研究によって命を落としていたのだ。ドミニクはここにきてようやく、アネモネの真実を知る。ユルゲンス艦長とのやり取りが印象的だが、最終話に向けてユルゲンスがドミニクを後押しする重要なキーマンとなる。
　そしてレントンは、エウレカが人型コーラリアンであるという真実を突きつけられることになる。エウレカの身体の異変を目の当たりにしたのだ。監督によれば、エウレカの設定画はなんと７通りもあるという。コンパクの輝きを放つエウレカの身体だが、彼女が本格的に変化するのはまだ先のことだ。