身体が変化したことで、レントンたちから逃げだすエウレカ。だが、レントンは自らを傷つけ彼女への信頼を示す。一方トレゾア技研へ向かったドミニクたちは、ゲッコーステイトと出会い、世界の真実を知る。

　世界が滅亡に向かっている危機を、真っ先に知ったのはリフボーダーたちだった。冒頭、ルリとサムナの登場は、ＰＳ２のゲームを知っている人には嬉しい限り。また、ベルフォレストでレントンと会話をしていたリフショップを営むウーノも再登場。軍に隠れてレイ＝アウトをリフボーダーたちに回していた。
　ドミニクとユルゲンスは真実を知るために、ドクターベアのもとへ向かう。そして、ついに軍に造反し、ゲッコーステイトと共闘することを決めるのだった。
　一方、地下世界ではレントンたちが大変なことになっていた。身体が変化を始めたエウレカは、人間になれると思っていたのに、自分がレントンとは別の生き物であることを思い知る。そんなエウレカにレントンが取った行動がすごい。石で腕を殴りつけ、腫れあがらせようとするのだ。これで一緒だと何度も石を打ちつける姿に、エウレカは感動する。だが、モーリスは銃口をレントンに向け二人の間を裂こうとする。デルシエロで本当の母親を殺したのがエウレカであることをモーリスだけはしっかりと把握していた。だから、自分を放って勝手に他の人を好きになるなとエウレカに言う。だが、モーリスの中にあるのはエウレカに対する憎しみではなく、エウレカへの愛情だった。もっと自分を見てとエウレカに叫ぶ。身体が変化しても、人間ではなくても、モーリスたち子どものことが好きだとエウレカは言う。「好き」という感情をここにきて初めてエウレカは口に出した。
「ここのシーンではレントンでなければできない行動にしたかった」と監督は振り返る。「みんなが驚くようなアホっぽい行動というか。わけが分からないけど、みんなを説き伏せてしまう行動を取るべきなんじゃないかと思ったんです。それで腕を石で殴りつけるという行動になりました」。こうした問題を乗り越えて、レントンは父親として子どもたちにも認められていくことになる。