着々と計画を進めるデューイに対し、月光号はイズモ艦と共同戦線を張る。その頃レントンは、腕の傷から倒れてしまう。子どもたちと共に必死に看病するエウレカだったが、彼女の身体にさらなる変化が訪れる。

　スカブコーラルの中心、司令クラスターの位置を把握したアゲハ少年隊とデューイ。テンシャン山脈に向けて、攻撃の準備を始める。
　一刻の猶予もない状況だが、レントンは腕に負った怪我が原因で高熱を出してしまう。嵐が起こり、吹き飛ばされそうな小さなテントの中で、エウレカや子どもたちがレントンを介抱する。その中で、背中に羽が生えてしまうエウレカ。やっぱり、子どもたちの母親にはなれないかもしれないと言うが、その弱気を吹き飛ばしたのは子どもたちの取った行動だった。エウレカと一緒にテントを守る子どもたち。どんな嵐を前にしても、彼らの絆は揺るがないことが示唆される。
　朝、目が覚めたレントンは羽が生えたエウレカに見惚れる。生き物としての差も、レントンにとってはどうでも良いことだった。全員の気持ちが一つになった時、巨大な琥珀が出現する。「琥珀を登場させたのは、そこで人間の歴史を描けると思ったからです」と監督は語る。人間の歴史として、巨大な琥珀の中に封じ込められていたのは、足跡だった。レントンたちと同じように、誰かが踏んだ足跡。それを辿っていくと、スカブの中心である司令クラスターがあるのだった。自律機動したニルヴァーシュは、レントンたちとともに司令クラスターへ向かう。そこでレントンは、行方不明となっていた姉のダイアンと再会する。