姉・ダイアンの姿を見たレントンは、彼女の元へ駆け出して再会を喜ぶ。一方エウレカはアドロックと出会い、スカブコーラルの歴史と意志を知る。デューイの攻撃が始まる中、二人が出した結論は・・・。

　司令クラスターの中に招き入れられたレントンたち。そこは、スカブの意思をレントンたちに分かりやすく伝えるため、図書館の形をとっている。レントンは姉のダイアンを通して、スカブコーラルの意思を知る。1万年前、地球で誕生したスカブコーラルは人類を宇宙へと追いやった。だが、スカブは人類を襲う気などはなく、ただコミュニケーションを取ろうとしただけだったという。人類が戻ってくるまでの永い間、スカブコーラルは孤独だった。そして一万年後、地球に人類が戻った時、スカブコーラルは人類との共生を考えた。どうコミュニケーションを取るべきか探るため、サクヤとエウレカという人型コーラリアンを生み出したのだ。だが、スカブコーラルはデューイの攻撃によって目覚めようとしている。眠るスカブが全て目覚めれば、クダンの限界が起きて全ては宇宙の裂け目に飲み込まれてしまう。人類が生き残るには、スカブコーラルの中で意識だけの存在となり別宇宙へ飛び立たなければならないというのだ。監督はスカブコーラルの提案に関してこう語る。「別宇宙というのは、ここではあえて単純な言葉にしています。宇宙理論を詳細に描くつもりはなかったので、単に別次元と思ってもらって構いません。人類にとっては危機的状況だけれど、スカブコーラルは人類に唯一の解決策を提案しているんです」。

　死ぬか意識だけの存在になるか、選択を迫られたレントンはどちらの道も選ばなかった。レントンにとっては、スカブの大地の上であろうとも、肉体を持って生きることが人類のあるべき姿である。第一話では、何もないつまらない町だと思っていた故郷ベルフォレストも、今のレントンにとってはエウレカを連れて帰りたい美しい地球の一部となっている。一方、アドロックと再会したエウレカもレントンと同じ回答をする。自分たちの戻るべき場所は、スカブの中ではないと。父親と出会い、その手を握るレントン。自覚のないまま「英雄の息子」と呼ばれ続けたレントンだが、父親の存在を認めそして自分で見つけた道を突き進んでいく。